菲律宾蛤仔18S rRNA基因PCR扩增及序列分析
摘 要：本试验采用CTAB裂解法提取了菲律宾蛤仔的总DNA。根据18S基因的保守序列设计3段引物，进行PCR扩增，并采用扩增引物进行正反双向测序。通过DNAstar Package中的SeqMan软件对序列进行组装,可以得到18S rRNA基因全序列。在美国国家信息中心（NCBI）网站上对得到的序列进行BLAST，以确定所得到的序列是18S基因序列。结果显示，菲律宾蛤仔的18S全序列长度为1833bp，A占23.95％，G占27.61％，C占24.22％，T占24.22％，A+T=48.17%,C+G=51.83%。最后用MegAlign软件对菲律宾蛤仔与一些相近的双壳纲软体动物的18S基因序列进行比对，序列对比显示菲律宾蛤仔与同一帘蛤科的疣帘蛤及薄片镜蛤的18S序列同源性较高，其次是青蛤和蚬科的河蚬。系统发育进化树显示帘蛤目与海螂目的亲缘关系较近，与珍珠贝目亲缘关系较远。但总的来说，它们的同源性都在85%以上，从而进一步证明了18S基因序列是具有高度相似性的保守序列。
关键词：菲律宾蛤仔，PCR，18S，rRNA基因，序列分析，分子系统发育
目 录
1 引言………………………………………………………………………………………1
1.1 研究意义……………………………………………………………………………1
1.2 研究历史和现状……………………………………………………………………2
2 试验材料与方法…………………………………………………………………………3
2.1 试验材料………………………………………………………………………………3
2.2 试验器材………………………………………………………………………………3
2.3 总DNA提取…………………………………………………………………………3
2.4 DNA电泳检测……………………………………………………………………… 4
2.5 PCR扩增…………………………………………………………………………… 5
2.6 PCR产物检测……………………………………………………………………6
2.7测序……………………………………………………………………………………6
2.8序列分析………………………………………………………………………………6
3 试验结果及分析…………………………………………………………………………7
3.1 DNA提取结果……………………………………………………………………… 7
3.2 PCR结果………………………………………………………………………………7
3.3测序结果…………………………………………………………………………… 7
3.4序列分析结果………………………………………………………………………10
4 讨论…………………………………………………………………………………… 14
4.1 DNA提取…………………………………………………………………………… 14
4.2 PCR扩增中遇到的问题…………………………………………………………… 15
4.3存在问题与展望……………………………………………………………………15
结论………………………………………………………………………………………16
致谢……………………………………………………………………………………… 17
参考文献………………………………………………………………………………… 18
