文蛤COI基因片段序列分析
摘 要：本试验以文蛤（M.meretrix）闭壳肌为材料，采用CTAB裂解法提取基因组总DNA，根据COI基因的保守序列设计引物，PCR扩增文蛤的COI基因片段序列。PCR产物送上海生工进行纯化回收，并采用扩增引物进行正反双向测序。用DNAStar （version 5.01）中的SeqMan软件对正反序列进行组装，得到COI基因片段的一致序列，长度为709bp（包括引物在内）。用EditSeq对所得到的序列进行编辑和分析，序列中A=21.44%， G=20.17%，T=44.85%，C=13.54%，A+T=66.29%，G+C=33.71%，使用无脊椎动物线粒体遗传密码把COI基因片段翻译成氨基酸序列，此片段共编码235个氨基酸。进入GenBank对得到的序列进行BLAST，以确定所得到的序列是COⅠ基因序列，并与亲缘关系在74%以上的帘蛤科的12个不同种COⅠ基因序列用MegAlign软件进行比对，并以住石蛤科的住石蛤相应序列数据为外群构建进化树。系统发育树显示：文蛤和同属的斧文蛤和丽文蛤聚在一起，这和传统分类吻合。
关键词： 文蛤 COI基因 序列分析
Abstract:.....
Keywords: M. meretrix; Cytochrome Oxidase Subunit I Gene; Sequence analysis.
目 录
1 引言……………………………………………………………………………………… 1
文蛤的生物学特性………………………………………………………………………… 1
文蛤的药用价值………………………………………………………………… 2
本试验的目的意义…………………………………………………………………… 2
2 材料和方法…………………………………………………………………………… 3
2.1 材料 ………………………………………………………………………………… 3
2.2方法…………………………………………………………………………………… 3
3 结果和分析……………………………………………………………………………… 5
3.1文蛤基因组总DNA电泳图……………………………………………………………… 5
3.2 文蛤PCR电泳结果………………………………………………………………………… 6
3.3测序及序列组装…………………………………………………………………………… 6
3.4 序列比对…………………………………………………………………………………… 7
3.5构建系统发育进化树…………………………………………………………………… 10
4 讨论 ………………………………………………………………………………… 11
4.1 DNA提取……………………………………………………………………………… 11
4.2 PCR中遇到的问题……………………………………………………………………… 12
4.3 COI基因序列的应用…………………………………………………………………… 12
结论 …………………………………………………………………………………… 14
致谢 …………………………………………………………………………………… 15
参考文献……………………………………………………………………………… 16
